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重庆高新区于1991年3月经国务院批准设立，是首批27个国家高新技术产业开发区之一。2016年获批建设国家自主创新示范区，纳入中国（重庆）自由贸易试验区范围。设立以来，先后经历了多次管理体制和开发空间调整。

一是1991—2000年，开发建设并管理石桥铺、二郎片区20平方公里，承担经济管理、行政管理和社会事务管理职能。

二是2001年2月，向北拓展开发北部新区高新园53平方公里（高新区北区），面积共73平方公里，承担经济管理、行政管理和社会事务管理职能。

三是2010年8月，委托九龙坡区管理，将高新区北区50平方公里移交两江新区，在九龙坡区重新明确54.3平方公里进行开发建设，面积共74.3平方公里。2013年12月市委市政府要求九龙坡区加强对重庆高新区的统一管理。

四是2019年4月，由市委市政府直接管理，赋予高新区建设科学城的战略定位和发展使命，面积共1094.8平方公里，其中直管园313.5平方公里、拓展园781.3平方公里，负责直管园的经济社会一体化管理，统筹拓展园的发展规划、产业布局、政策制定、经济统计等有关经济管理事务。2021年5月，重庆高新区党工委、管委会加挂西部（重庆）科学城党工委、管委会牌子，科学城建设发展进入新阶段。